Если заказчик выкладывает договор с традиционной системой налогообложения, а вы «упрощенец», то первое, что необходимо сделать – это направить протокол разногласий и сообщить, что вы находитесь на особом режиме налогообложения. Вам необходимо так же прикрепить письмо из налоговой о вашем статусе. И конечно же подписать контракт.
Если заказчик продолжает требовать от вас выделения НДС и выставления счет-фактуры – жалуйтесь в ФАС. Вашей сильной позицией будут как раз те документы, которые вы предоставили в переписке. По закону вы не обязаны выделять, а следовательно платить НДС и потребовать такие документы у вас нельзя.